На этой стадии в борьбу вступают команды Премьер-лиги. Они в гостях встретятся с победителями пар матчей 1/32 финала — стадии, с которой стартуют команды Футбольной Национальной Лиги. Эти матчи состоятся 24 и 25 августа.
В соответствии с Регламентом Кубка России, с 1/32 финала в турнире стартует 18 клубов ФНЛ («Зенит-2» и «Спартак-2» не играют, поскольку клуб может быть представлен только одной командой).
1/16 финала
Балтика / Динамо-Москва — Ростов
Долгопрудный / Тосно — Арсенал
Текстильщик / Химки — Локомотив
ЦРФСО / Шинник — Крылья Советов
Калуга / Тамбов — Зенит
Торпедо-Москва / Мордовия — Анжи
Черноморец / Факел — Терек
Энергомаш / Кубань — Уфа
Биолог — Новокубанск / Спартак-Нальчик — Краснодар
Легион-Динамо / Волгарь — Оренбург
Челябинск / Нефтехимик — Урал
Волга Ул / Сокол — Амкар
Динамо-Барнаул / Енисей — ЦСКА
Тюмень / Сибирь — Томь
Сахалин / СКА-Хабаровск — Спартак
Чита / Луч-Энергия — Рубин